光明眼科学院实行院长负责制，配备一名学科带头人和一名外聘教授，负责学院教学和科研管理工作。

学院成立实训中心、眼科学基础教研室、配镜技术教研室和视光学教研室，各配备一名副主任进行内部管理，具体负责教学任务的安排、落实等工作。